Kistleri çıkarma işlemine tıp dilinde kistektomi denir. Yumurtalık kistleri için yapılan ameliyatlar hem laparoskopik hem de açık ameliyat olarak yapılabilmektedir. Laparoskopi veya açık ameliyat seçilmesi kistin boyutuna ve çeşitli özelliklerine göre planlanmaktadır.
Yumurtalık kistleri için yapılan ameliyatlarda her zaman kistektomi yapılmaz yani sadece kist alınmaz; bazen kist yumurtalıkla beraber (ooforektomi veya salpingoooforektomi) hatta rahimle beraber alınmaktadır. Örneğin kanser türünden bir yumurtalık kisti ameliyatında rahim de yumurtalıklarla beraber alınmaktadır. İyi huylu kistlerde de her zaman kistektomi mümkün olmayabilir kistin etrafa yaptığı yapışıklıktan dolayı veya sağlan yumurtalık dokusu izlenememesinden dolayı yumurtalık tamamen alınabilir.